一是知识产权保护的范围、期限存在差距。如我国尚未将气味商标纳入保护范围。在植物保护方面，我国加入的是《国际植物新品种保护公约》1978年版本，并非1991年版本 ，后者赋予育种者更大保护范围，允许同一植物品种使用专利法和专门法进行双重保护，增加了受保护植物品种并扩大了权利范围，延长了保护期，如加入可能导致种业面临竞争压力增大、成本提高、某些植物为外国品种控制等问题。我国知识产权保护边境措施仅针对进出口货物，未包括过境货物，如增加这一规定可能对加工贸易产生一定影响。我国著作权保护期仍为50年，专利申请的新颖性宽限期时间较短、涵盖面较窄。
二是侵权犯罪成本低、刑事制裁轻、维权成本高。我国长期存在诉讼周期长、对侵权违法者处罚轻等问题，这是导致知识产权难以得到有效保护的重要原因。CPTPP要求成员国将任何具有商业目的或对版权人商业利益产生重大损害的盗版行为规定为犯罪行为，而我国仍将“违法所得数额较大”作为入罪标准之一，强调以量定罪与CPTPP以性定罪的做法差距较大，不能对侵权行为产生足够威慑。
